Rechnitzer János Károly Héderváron született 1952. június 5-én. Tanulmányait Győrben folytatta, a Révai Miklós Gimnáziumban érettségizett. 1971-től a Marx Károly Közgazdaságtudományi Egyetem Pécsi Kihelyezett Nappali Tagozatának (az első nem budapesti közgazdászképzés) második évfolyamába járt. 1975-ben szerzett közgazdász diplomát a frissen önállóvá vált PTE Közgazdaságtudományi Karán. Kutatói pályafutását az 1943 óta működő MTA Dunántúli Tudományos Intézetében (DTI) kezdte 1975. szeptember 1-jén, Bihari Ottó akadémikus igazgató meghívására. Egyetemi doktori címét 1978-ban, a közgazdaságtudomány kandidátusa címét 1985-ben nyerte el.
Enyedi György akadémikus, aki pécsi székhellyel 1984. január 1-jével alapította meg az MTA Regionális Kutatások Központját (RKK), 1986-ban kérte fel arra, hogy szervezzen új kutatóhelyet Győrben. Így alakult meg az RKK Észak-dunántúli Osztálya, amely 1995-től Nyugat-magyarországi Tudományos Intézet, NYUTI néven vált elismert kutatóintézetté, és amelyet Rechnitzer János 2007-ig vezetett igazgatóként. 2008-tól tudományos tanácsadóként, majd 2021-től kutató professor emeritusként volt jelen az osztály életében.
A Széchenyi István Főiskolán 1991-ben alapította meg a Regionális és Településgazdaságtan Tanszéket, amely a közgazdász képzésen belül a településgazdász szakirányt gondozta. 1999-ben habilitált közgazdaságtudományból Pécsett, 2000-ben kapott egyetemi tanári kinevezést. 2002-ben kapott felkérést az újonnan alakult Széchenyi István Egyetem (SZE) Jog- és Gazdaságtudományi Kar vezetésére, ahol 2008-ig töltötte be a dékáni tisztet. 2008–2012 között az egyetem tudományos rektorhelyettese volt. 2004-ben alapította és 2020-ig vezette a SZE Multidiszciplináris Társadalomtudományi Doktori Iskoláját, amely 2008-ban (az Állam és Jogtudományi Doktori Iskola önállóvá válásával) vette fel a Regionális- és Gazdaságtudományi Doktori Iskola (RGDI) nevet.
Az 1986 őszén alakult MTA Regionális Tudományos Bizottságának tagjává (1990-től), majd titkárává (1993-tól), s 1996-tól 2008-ig, majd 2015-től még egyszer, összesen öt akadémiai ciklusra, elnökévé választották. 2011-től 2016-ig a Magyar Regionális Tudományi Társaság (MRTT) elnöke volt, majd 2016 óta tiszteletbeli elnöke. 2016 óta az Enyedi György Regionális Tudományi Alapítvány kuratóriumának elnöke volt. 1994–2012 között főszerkesztője volt a Tér és Társadalomnak, a tudományterület vezető lapjának, a City.hu Várostudományi Szemle társalapítója. Több mint 500 publikációja jelent meg: 23 db könyv, 31 db könyvszerkesztés, 114 db folyóiratcikk, 154 db könyvfejezet, hivatkozásainak száma eddig közel 3.800.
Tudományos munkásságát számos alkalommal ismerték el. 1979-ben Akadémia Ifjúsági Díjjal, 1995-ben Pro Geographia oklevéllel, 2004-ben Pro Régió Díjjal, 2008-ban a Pro Renovanda Cultura Hungariae Alapítvány Deák Ferenc Tudományos Díjával. A regionális tudomány formálásáért a Magyar Köztársasági Érdemrend Lovagkeresztje kitüntetéssel jutalmazták 2009-ben. A regionális tudomány területén végzett iskolateremtő kutatói, oktatói és tudományszervező munkásságáért 2017-ben Akadémiai Díjat kapott, majd 2022-ben a regionális tudomány, ezen belül a regionális gazdaságfejlesztés területén végzett több évtizedes munkája elismeréseként Magyar Érdemrend Tisztikeresztje kitüntetésben részesült. Helyi elismertségét tükrözi a Győr Megyei Jogú Város Díszpolgára (2014) cím.
